Kľúčovým rozdielom medzi syntonom a syntetickým ekvivalentom je, že synthon je skupina chemickej zlúčeniny, ktorá sa dá pripraviť známym syntetickým procesom, zatiaľ čo syntetickým ekvivalentom je činidlo, ktoré vykonáva funkciu synthónu.
Pojmy synthon a syntetický ekvivalent spadajú pod odvetvie retrosyntetickej analýzy. Je to technika, ktorá je užitočná na riešenie problémov, ktoré vznikajú počas plánovania procesu organickej syntézy. V tejto analytickej technike potrebujeme transformovať cieľovú molekulu na jednoduchú štruktúru bez účinku interakcie činidla. Niekedy používame výrazy synthon a syntetický ekvivalent zameniteľne, ale sú to dve rôzne zložky.
