Kľúčovým rozdielom medzi komplementáciou a rekombináciou je, že komplementáciou je schopnosť dvoch mutantov v kombinácii obnoviť normálny fenotyp, zatiaľ čo rekombináciou je výmena genetického materiálu medzi chromozómami, ktorá vedie k fyzickým zmenám v chromozómoch.
Komplementácia a rekombinácia sú dva koncepty, ktoré produkujú geneticky odlišné organizmy. Komplementácia obnoví normálny fenotyp, keď sa spoja dva mutanty, zatiaľ čo rekombinácia vedie k vzniku organizmu so zmenenou genetickou výbavou v dôsledku výmeny genetického materiálu medzi organizmami.
