Kľúčovým rozdielom medzi homológnymi štruktúrami a zakrpatenými štruktúrami je, že homológne štruktúry sú anatomicky podobné štruktúry nachádzajúce sa v rôznych organizmoch, ktoré majú spoločného predka, zatiaľ čo zakrpatené štruktúry sú anatomické štruktúry, ktoré stratili pre organizmus svoju užitočnosť.
Homologické štruktúry sú zakrpatené štruktúry, čo sú dva typy anatomických štruktúr, ktoré majú evolučný význam. Homológne štruktúry sú podobné štruktúry prítomné v rôznych organizmoch, ktoré pochádzajú od spoločného predka. Naproti tomu zakrpatené štruktúry sú štruktúry, ktoré už nie sú pre organizmy užitočné a majú zmenšenú veľkosť.