Kľúčovým rozdielom medzi modrozelenými riasami a zelenými riasami je to, že modrozelené riasy sú prokaryotické organizmy, ktoré patria do Kingdom Monera, zatiaľ čo zelené riasy sú eukaryotické organizmy, ktoré patria do Kingdom Protista.
Fotosyntéza je proces, ktorý ukazujú fotoautotrofy. Je to proces, ktorý syntetizuje sacharidy (potraviny) zachytávaním energie zo slnečného žiarenia. Tento proces vyžaduje prítomnosť fotosyntetických pigmentov, CO 2 a vody. Fotoautotrofy obsahujú fotosyntetické pigmenty na uskutočňovanie fotosyntézy. Existujú tri hlavné skupiny fotoautotrofov ako rastliny, sinice (modrozelené riasy) a riasy (vrátane zelených rias). Preto sú modrozelené aj zelené riasy fotosyntetické organizmy. Modrozelené riasy sú však prokaryotické organizmy, zatiaľ čo zelené riasy sú eukaryotické organizmy. Podľa toho existuje rozdiel medzi modrozelenými riasami a zelenými riasami na základe ich bunkovej organizácie a ďalších vlastností.
