Kľúčový rozdiel medzi Klenowovým fragmentom a DNA polymerázou 1 spočíva v tom, že Klenowov fragment je veľkou časťou DNA polymerázy 1, ktorej chýba aktivita 5 'až 3' exonukleázy, zatiaľ čo DNA polymeráza je enzým E. coli, ktorý má všetky tri domény vrátane 5 'až 3 'exonukleázová aktivita.
DNA polymeráza je jedným z kľúčových enzýmov podieľajúcich sa na replikácii DNA v živých organizmoch. U eukaryotov a prokaryotov sa na základe veľkosti a tvaru nachádzajú rôzne formy enzýmu DNA polymerázy. DNA polymeráza 1, 2 a 3 sa nachádzajú iba v prokaryotických organizmoch a pri replikácii DNA hrajú rôzne úlohy. DNA polymeráza 1 má tri domény s 5 'až 3' polymerázou, 3 'až 5' exonukleázovou aktivitou a 5 'až 3' exonukleázovou aktivitou. Klenowov fragment je proteolytický produkt DNA polymerázy 1. Má 5 až 3 'polymerázovú a 3' až 5 'exonukleázovú aktivitu intaktnej DNA polymerázy 1, ale chýba jej 5' až 3 'exonukleázová aktivita.
