Kľúčový rozdiel medzi prechodným a vyváženým polymorfizmom je založený na tom, ako sa alely správajú. Prechodný polymorfizmus je progresívna náhrada jednej alely génu inou alelou, zatiaľ čo vyvážený polymorfizmus je udržiavanie obidvoch rôznych alel génu v priebehu času.
Genetický polymorfizmus je jeden alebo dva alebo viac variantov konkrétnej DNA. Prechodný a vyvážený polymorfizmus sú dva typy polymorfizmu, ktoré vznikajú v dôsledku dvoch alternatívnych alel génu. V prechodnom polymorfizme je z dvoch alternatívnych alel daného lokusu jedna alela postupne nahradená druhou. Vo vyváženom polymorfizme sú tieto dve alely navzájom v rovnováhe. Obe verzie génu sú v populácii zachované.
