Kľúčovým rozdielom medzi primérom a promótorom je, že primér je komerčne syntetizovaná krátka sekvencia DNA, ktorá sa používa v PCR na amplifikáciu cieľovej sekvencie DNA, zatiaľ čo promótor je špecifická sekvencia DNA, ktorá poskytuje bezpečné počiatočné väzbové miesto pre RNA polymerázu a transkripčné faktory v s cieľom iniciovať prepis.
Primér a promótor sú dva typy sekvencií DNA. Primer je malý fragment DNA potrebný na polymerázovú reťazovú reakciu (PCR). Má krátke nukleotidové sekvencie komplementárne k hraničnému koncu reťazca DNA. Existujú dva typy primérov, ktoré slúžia ako východiskové body pre syntézu nových vlákien DNA. Na rozdiel od toho je promótor špecifická sekvencia DNA umiestnená proti smeru transkripcie na miesto zahájenia génu. Priamo interaguje s komponentmi transkripčného mechanizmu, ako je RNA polymeráza a transkripčné faktory, aby riadil transkripciu DNA. Preto sa RNA polymeráza a ďalšie transkripčné faktory viažu na promótorovú sekvenciu a iniciujú transkripciu.
