Kľúčový rozdiel - sonda vs primér
Molekulárna sonda je malý fragment DNA alebo RNA, ktorý rozpoznáva komplementárne sekvencie v DNA alebo RNA a umožňuje identifikáciu cieľovej sekvencie. Primer je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre syntézu DNA. Primery a sondy hybridizujú s komplementárnymi nukleotidmi templátovej DNA alebo cieľovej DNA. Kľúčovým rozdielom medzi sondou a primérom je však to, že priméry sú potrebné na replikáciu DNA, zatiaľ čo sondy sú potrebné na detekciu špecifických sekvencií vo vzorke DNA.
OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je sonda
3. Čo je to primer
4. Porovnanie vedľa seba - sonda vs. primer
5. Zhrnutie
Čo je sonda?
Sonda je malý fragment DNA alebo RNA používaný na detekciu cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke molekulárnou hybridizáciou. Sú tiež známe ako molekulárne markery. Dĺžka sondy sa môže meniť (100 až 1 000 báz) a nukleotidy sondy sú komplementárne k časti cieľovej sekvencie. Pre ľahšiu detekciu sú sondy označené rádioaktívnymi izotopmi alebo fluorescenčnými farbivami alebo protilátkami. Sondy sa viažu s komplementárnymi bázami cieľovej sekvencie a odhaľujú prítomnosť cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke. Existujú dve hlavné metódy označovania sond: konečné označovanie a preklad nickov. Sondy sú kategorizované do rôznych typov vrátane sond DNA, sond RNA, sond cDNa a sond syntetických oligonukleotidov a sú pripravené pomocou rôznych techník.
Sondy sú dôležitými nástrojmi v mnohých mikrobiálnych a molekulárnych oblastiach, ako je virológia, forenzná patológia, testovanie otcovstva, odtlačky prstov DNA, detekcia genetických chorôb, RFLP, molekulárna cytogenetika, hybridizácia in situ atď.
Obrázok 01: Fluorescenčne značená sonda použitá vo FISH na detekciu patogénov
Čo je základný náter?
Primer je krátky fragment DNA alebo RNA, ktorý slúži ako iniciátor syntézy DNA. Enzým DNA polymeráza pridáva nukleotidy k 3 'OH skupine sekvencie primérov a syntetizuje nové vlákno komplementárne k templátovej DNA. Priméry sú veľmi krátke fragmenty s dĺžkou 18 až 20 nukleotidov. Chemicky sa syntetizujú v laboratóriu na in vitro amplifikáciu DNA (PCR). Priméry môžu mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov, pretože sú navrhnuté používateľom. Syntetizujú sa tak, aby zodpovedali komplementárnym bázam templátovej DNA. Preto môže mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov. Pre replikáciu DNA sú nanajvýš dôležité priméry, pretože DNA polymeráza nemôže syntetizovať novú DNA bez už existujúceho kúska DNA. Pri navrhovaní primérov pre PCR je potrebné vziať do úvahy nasledujúce skutočnosti:
- Priméry by mali obsahovať komplementárne nukleotidy k hraničnému koncu DNA, ktorá sa chce amplifikovať.
- Primery by mali mať teplotu topenia medzi 55 - 65 ° C
- Obsah G a C by mal byť medzi 50 až 60%.
Pri PCR sa používajú dva primery ako dopredný a reverzný na replikáciu oboch vlákien DNA vzorky. Priméry sa bežne používajú na vykonávanie PCR a sekvenovania DNA.
Obrázok 02: Žíhanie primeru v PCR
Aký je rozdiel medzi sondou a základným náterom?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Sonda vs Primer |
|
| Sonda je malý fragment DNA / RNA používaný na detekciu prítomnosti cieľovej sekvencie vo vzorke molekulárnou hybridizáciou. | Primer je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre replikáciu DNA. |
| Funkcia | |
| To detekuje prítomnosť špecifickej sekvencie vo vzorke DNA alebo RNA. | Toto slúži ako východiskový bod pre syntézu DNA. |
| Dĺžka | |
| Dĺžka môže byť v rozmedzí 100 - 1 000 báz | Dĺžka je obvykle asi 18 - 20 báz |
| Viazanie s doplnkovou sekvenciou | |
| Sonda hybridizuje s komplementárnymi bázami cieľovej sekvencie | Primer žíha s komplementárnymi bázami reťazcov DNA. |
| Označovanie | |
| Sondy sú označené kvôli ľahšej detekcii | Priméry spravidla nie sú označené |
| Použite pri PCR | |
| Sondy sa nepoužívajú pri PCR | Pri PCR sa používajú priméry |
Zhrnutie - sonda vs primér
Sonda je malý fragment sekvencie DNA alebo RNA, ktorý je možné hybridizovať s komplementárnymi nukleotidmi na detekciu cieľovej sekvencie vo vzorke. Sondy sú značené rádioaktívne, imunologicky alebo fluorescenčne, aby sa zistila prítomnosť cieľovej sekvencie. Primer je veľmi malý fragment DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre amplifikáciu DNA in vitro. DNA polymeráza identifikuje primer 3 'OH skupiny a iniciuje tvorbu nového vlákna komplementárneho k templátu. Sondy a primery fungujú podobne hybridizáciou s komplementárnymi nukleotidmi. Kľúčovým rozdielom medzi sondou a primerom je teda ich hlavná funkcia.
