Kľúčovým rozdielom medzi inaktiváciou X a genómovým potlačou je, že inaktivácia X je proces, ktorým sa inaktivuje jedna kópia chromozómu X u niektorých žien, zatiaľ čo genómová potlač je proces, ktorý závisí od pôvodcu, a je to proces, pri ktorom sa kópie gény sú diferencovane exprimované.
Inaktivácia X a genómová potlač sú dva procesy, ktoré môžu viesť k monoallelickej expresii. Jednoducho povedané, obidva javy spôsobujú vypnutie jednej kópie génu. Genomická potlač sa uskutočňuje v špecifických génoch, zatiaľ čo inaktivácia X spôsobuje inaktiváciu génov v celom X chromozóme. Výsledkom oboch procesov je však znížená expresia génov.
