Kľúčovým rozdielom medzi antigénnou a fázovou variáciou je to, že antigénna variácia je mechanizmus, ktorý odkazuje na expresiu antigénne odlišných proteínov, sacharidov alebo lipidov na ich povrchoch, zatiaľ čo fázová variácia je vysokofrekvenčné reverzibilné zapínanie a vypínanie prepínania fenotypovej expresie.
Antigénna a fázová variácia sú dva typy molekulárnych mechanizmov používaných patogénmi na zabránenie imunitnej odpovede hostiteľa. Sú spolu príbuzní. Tieto mechanizmy umožňujú mikróbom, najmä baktériám, prispôsobiť sa viac ako jednému prostrediu. V dôsledku fázovej a antigénnej variácie sa vytvára heterogénny fenotyp klonálnej bakteriálnej populácie. V tejto populácii jednotlivé bunky exprimujú fázovo variabilné proteíny alebo jednu z viacerých antigénnych foriem proteínu. Tieto variácie sú hlavne stratégiami virulencie uskutočňovanými patogénmi.
