Kľúčovým rozdielom medzi fluxionalitou a tautomérstvom je to, že fluxionalita sa týka výmeny niektorých alebo všetkých atómov v molekule, zatiaľ čo tautoméria sa týka výmeny protónov medzi molekulami.
Oba termíny fluxionalita a tautoméria označujú zámenu atómov medzi rôznymi polohami, ako sú axiálne a ekvatoriálne polohy. Ak tieto rôzne polohy ležia na rovnakej molekule, potom ide o fluxionalitu. Ale ak je zamieňaným atómom atóm vodíka (protón) a jeho polohy sú v dvoch rôznych molekulách, potom sa to nazýva tautoméria.
