Kľúčový rozdiel medzi prototropiou a tautomérstvom spočíva v tom, že prototropia pojednáva o dvoch formách molekuly, ktoré sa navzájom líšia iba v polohe konkrétneho protónu, zatiaľ čo tautoméria hovorí o vzájomnej premene dvoch štruktúrnych izomérov prostredníctvom premiestnenia atómov alebo väzieb.
Prototropia je forma tautomérie; je to najbežnejšia forma tautomérie. Tautoméria je pojem v organickej chémii, ktorý popisuje premenu jedného štruktúrneho izoméru na iný izomér prostredníctvom premiestnenia atómov alebo väzieb. Ak k premiestneniu dôjde v protóne v molekule, potom to nazývame prototropia. Preto je tento typ tautomérie známy ako prototropný tautoméria.
