Kľúčovým rozdielom medzi chemoorganotrofmi a chemolitotrofmi je, že chemoorganotrofy sú organizmy, ktoré získavajú elektróny z organických zlúčenín, zatiaľ čo chemolitotrofy sú organizmy, ktoré získavajú elektróny z anorganických zlúčenín.
Živé organizmy možno rozdeliť do niekoľkých kategórií podľa spôsobu výživy založeného na zdroji energie a uhlíka. Existujú zdroje energie ako slnečné svetlo a organické zlúčeniny. Podobne existujú dva typy zdrojov uhlíka, ako sú anorganický uhlík a organický uhlík. Štyri hlavné kategórie sú fotoautotrofy, fotoheterotrofy, chemoautotrofy a chemoheterotrofy. Okrem toho, na základe primárneho zdroja redukčného ekvivalentu, existujú dve kategórie ako organotrofné a litotrofné. Chemoorganotrofy a chemolitotrofy sú dve skupiny, ktoré využívajú energiu z rozbíjania chemických zlúčenín. Líšia sa ale od seba na základe darcu elektrónov. Zdrojom donoru elektrónov sú organické zlúčeniny v chemoorganotrofoch, zatiaľ čo zdroj redukčného ekvivalentu je anorganický v chemolitotrofoch.
