Kľúčovým rozdielom medzi transgénnymi a knockoutovanými myšami je, že transgénne myši majú do svojho genómu vložené cudzie gény, zatiaľ čo knockoutované myši majú požadovaný funkčne inaktivovaný gén.
Genetické inžinierstvo je oblasť genetiky, v ktorej je genetická výbava organizmu modifikovaná alebo manipulovaná technológiou rekombinantnej DNA. Transgénne organizmy sa vyrábajú zavedením cudzích génov (transgénov) do organizmov pomocou biotechnológie. Hovorí sa im aj geneticky modifikované organizmy. Transgénne organizmy sú cennými nástrojmi výskumu. Sú dôležité pri skúmaní funkcií génu a pri génovej terapii a poľnohospodárstve. Myši sa používajú ako laboratórne zvieracie modely, pretože sú užšie spojené s ľuďmi. Transgénne myši a myši s knockoutom sú dva typy geneticky modifikovaných zvierat. U transgénnych myší je DNA hostiteľa v lokuse nahradená inou verziou rovnakého génu alebo úplne iným génom. U knockoutovaných myší je hostiteľský gén jednoducho deletovaný alebo funkčne inaktivovaný.
