Kľúčový rozdiel medzi cisgenézou a intragenézou je v tom, že do cisgenézy sa gény zavádzajú bez akejkoľvek zmeny sekvencie DNA a tieto gény majú svoj natívny promótor, intróny a terminátorové sekvencie, zatiaľ čo pri intragenéze je možné gény navrhovať pomocou genetických prvkov z iných rastlín. s rovnakým pohlavne kompatibilným genofondom.
Transgenéza je genetická modifikácia v prijímajúcej rastline pomocou génov z iného ako rastlinného organizmu alebo z darcovskej rastliny, ktorá je sexuálne nekompatibilná s prijímajúcou rastlinou. Cisgenéza a intragenéza sú dva alternatívne koncepty transgenézy. Obe prebiehajú medzi krížiteľnými druhmi. Cisgenesis sa týka genetickej modifikácie rastliny príjemcu prírodným génom zo sexuálne kompatibilnej rastliny. Intragenéza na druhej strane umožňuje použitie nových kombinácií génov vytvorených in vitro prešmykmi funkčných genetických prvkov. Oba pojmy sú však založené na použití génov rovnakého druhu alebo príbuzných druhov, ktoré sú sexuálne kompatibilné. Preto sú intragenéza a cisgenéza identické s genofondom dostupným pre bežné množenie.
