Kľúčový rozdiel medzi funkčnou skupinou a substituentom je v tom, že funkčná skupina je aktívnou súčasťou molekuly, zatiaľ čo substituent je chemická látka, ktorá môže nahradiť atóm alebo skupinu atómov v molekule.
Pojmy funkčná skupina a substituent sa často vyskytujú v organickej chémii. Funkčná skupina je špecifický typ substituenta, ktorý spôsobuje aktivitu molekuly. To znamená, že reakcie, ktoré určitá molekula podstúpi, sú určené funkčnou skupinou. Substituentom však môže byť buď aktívny chemický druh, alebo neaktívny chemický druh.
