Kľúčovým rozdielom medzi štrukturálnou a funkčnou genomikou je, že štrukturálnou genomikou je štúdium fyzikálnej podstaty genómov vrátane sekvenovania a mapovania genómov, zatiaľ čo funkčnou genomikou je štúdium expresie a funkcie genómu.
Genomika je oblasť biológie, ktorá sa týka štruktúry, organizácie, funkcie, vývoja a mapovania genómov živých organizmov. Zahŕňa tiež sekvenovanie genómov, stanovenie kompletnej sady proteínov kódovaných organizmom a fungovanie génov a metabolických dráh v organizme. Jednoduchými slovami, genomika je rozsiahle štúdium skupiny génov. Preto sa štúdie uskutočňujú na úrovni genómu. Štrukturálna genomika a funkčná genomika sú dve hlavné vetvy genomiky. Štrukturálna genomika sa zameriava na charakterizáciu a poskytnutie umiestnenia celej skupine génov v genóme. Naproti tomu funkčná genomika sa zameriava na funkciu a vlastnosť.
