Kľúčovým rozdielom medzi auxotrofmi a prototrofmi je, že auxotrofy sú mutantné mikroorganizmy, ktoré stratili schopnosť produkovať konkrétnu organickú zlúčeninu potrebnú pre ich rast, zatiaľ čo prototrofy sú štandardné mikroorganizmy, ktoré sú schopné produkovať všetky požadované organické zlúčeniny.
Mikroorganizmy vykazujú rôzne spôsoby výživy. Najmä baktérie majú rôzne schopnosti. Niektoré baktérie sú schopné fotosyntézy a výroby vlastnej potravy, zatiaľ čo niektoré baktérie žijú v symbiotickom vzťahu s hostiteľským organizmom a získavajú živiny. Niektoré baktérie navyše degradujú organickú hmotu a získavajú živiny. Auxotrofy a prototrofy sú dve skupiny mikroorganizmov, ktoré sa líšia na základe schopnosti produkovať organické zlúčeniny pre svoj rast. Prototrofy môžu syntetizovať všetky organické zlúčeniny potrebné na ich rast, zatiaľ čo autotrofy nie sú schopné produkovať konkrétnu organickú zlúčeninu, ktorá je nevyhnutná pre jej rast v dôsledku mutácie.
