Kľúčový rozdiel medzi bakteriocínom a antibiotikom spočíva v tom, že bakteriocín je bielkovinový toxín produkovaný baktériami proti príbuznému bakteriálnemu kmeňu, zatiaľ čo antibiotikum je antibakteriálna látka a sekundárny metabolit, ktorý ničí alebo brzdí množenie baktérií.
Antimikrobiálne látky majú schopnosť ničiť patogénne mikroorganizmy alebo spomaliť ich rast a reprodukciu. Antimikrobiálne látky môžu byť antibakteriálne, protiplesňové alebo antivírusové. Antibakteriálne látky alebo antibiotiká pôsobia proti baktériám, zatiaľ čo protiplesňové látky pôsobia proti patogénnym hubám. Antivírusové lieky ničia vírusy. Preto sú antibiotiká typom najefektívnejších antibakteriálnych látok, ktoré sa dajú použiť na boj proti bakteriálnym infekciám. Bakteriocín je bielkovinový toxín produkovaný baktériami. Pôsobí proti príbuzným bakteriálnym kmeňom. Takže antibiotikum aj bakteriocín majú antibakteriálnu aktivitu.