Kľúčový rozdiel medzi viacnásobným štiepením a fragmentáciou spočíva v tom, že viacnásobné štiepenie je typom štiepenia, pri ktorom sa materské jadro niekoľkokrát mitoticky rozdeľuje a vytvára niekoľko nových dcérskych buniek, zatiaľ čo fragmentácia je typom nepohlavnej reprodukcie, pri ktorej sa rodičovský organizmus rozpadá na niekoľko fragmenty, ktoré sú schopné prerásť do nových jedincov.
Existujú dva typy reprodukcie ako nepohlavné rozmnožovanie a sexuálne rozmnožovanie. K nepohlavnému rozmnožovaniu dochádza od jedného rodiča. Nezahŕňa mužské ani ženské pohlavné bunky. Okrem toho existujú rôzne typy metód nepohlavného rozmnožovania. Niektoré z nich zahŕňajú štiepenie (binárne štiepenie a viacnásobné štiepenie), fragmentácia, regenerácia, pučanie, tvorba spór. Tento článok sa však zameriava hlavne na rozdiel medzi viacnásobným štiepením a fragmentáciou.