Kľúčový rozdiel medzi fotosystémom 1 a fotosystémom 2 spočíva v tom, že fotosystém 1 má reakčné centrum pozostávajúce z chlorofylu a molekuly P700, ktorá absorbuje svetlo pri vlnovej dĺžke 700 nm. Na druhej strane má fotosystém II reakčné centrum obsahujúce chlorofyl, molekulu P680, ktorá absorbuje svetlo pri vlnovej dĺžke 680 nm.
Fotosystémy sú súborom molekúl chlorofylu, doplnkových molekúl pigmentu, bielkovín a malých organických zlúčenín. Existujú dva hlavné fotosystémy; fotosystém I (PS I) a fotosystém II (PS II) prítomný v tylakoidných membránach chloroplastov v rastlinách. Oba uskutočňujú svetelnú reakciu fotosyntézy. Rastliny preto v podstate potrebujú obidva tieto fotosystémy. Je to preto, že odizolovacie elektróny z vody vyžadujú viac energie ako svetlo fotovoltický systém, ktorý dokážem dodať. V dôsledku toho môže fotosystém II absorbovať svetlo s kratšou vlnovou dĺžkou (s vyššou energiou) a prepojiť sa tandemovo s PS I, čo umožňuje necyklický tok elektrónov.
