Kľúčový rozdiel medzi programami BLAST a FastA spočíva v tom, že BLAST je základný nástroj na prispôsobenie, ktorý je k dispozícii na webových stránkach Národného centra pre biotechnologické informácie, zatiaľ čo FastA je nástroj na vyhľadávanie podobnosti, ktorý je k dispozícii na webových stránkach Európskeho bioinformatického inštitútu.
BLAST a FastA sú dva softvéry, ktoré sa často používajú na porovnávanie biologických sekvencií DNA, aminokyselín, proteínov a nukleotidov rôznych druhov a hľadanie ich podobností. Tieto algoritmy boli napísané s ohľadom na rýchlosť. Pretože keď vedci v polovici 80. rokov dokázali v laboratóriu izolovať DNA, vyvolalo to potrebu porovnávať a hľadať identické gény pre ďalší výskum vysokou rýchlosťou. Preto boli tieto dva softvéry vyvinuté tak, aby používateľ mohol rýchlo vyhľadávať podobné sekvencie so sekvenciami svojich dotazov.
BLAST je skratka pre Basic Local Alignment Search Tool a pri porovnávaní týchto dvoch sekvencií používa lokalizovaný prístup. FastA je softvér odkazujúci na Fast A, kde A znamená všetko. Softvér tu pracuje s abecedami ako Fast A pre sekvenovanie DNA a Fast P pre bielkoviny. Programy BLAST aj FastA sú veľmi rýchle v porovnávaní akejkoľvek databázy genómov, a preto sú veľmi životaschopné ako v monetárnych podmienkach, tak aj v úspore času.
