Kľúčový rozdiel medzi mikrofágmi a makrofágmi je v tom, že mikrofág je typom malého fagocytov, ktorý žije iba niekoľko dní, zatiaľ čo makrofág je typom väčšieho fagocytov s dlhšou životnosťou.
Náš imunitný systém bojuje proti napadnutým patogénnym mikroorganizmom a udržuje nás v bezpečí. Jedná sa teda o komplexný systém, ktorý vykonáva mnoho rôznych obranných mechanizmov s cieľom odhaliť a zničiť útočníkov. Fagocytóza je jeden mechanizmus, pri ktorom fagocyty prijímajú invázne častice a zabíjajú ich. Fagocyty sú bunky schopné pohltiť a absorbovať baktérie a ďalšie cudzie bunky a infekčné častice sa v nich zničia. Existujú teda dva hlavné typy fagocytov, a to mikrofágy a makrofágy. Mikrofág je malý polymorfonukleárny fagocyt, ktorý sa vyskytuje vo veľkom množstve. Na druhej strane je makrofág typ fagocytov, ktoré sú umiestnené na niekoľkých dôležitých miestach v tele, aby fungovali ako obranný mechanizmus pred inváziou častíc. Sú to veľké požierače nášho imunitného systému.