Kľúčový rozdiel medzi vaječníkom a vajíčkom spočíva v tom, že vaječník je súčasťou ženskej reprodukčnej štruktúry, ktorá sa vyvíja v plod kvitnúcich rastlín, zatiaľ čo vajíčko je štruktúra, ktorá sa vyvíja v semeno semenných rastlín.
Kvet je reprodukčná štruktúra kvitnúcich rastlín. Niektoré kvety sú dokonalé, iné naopak nedokonalé. Dokonalé kvety obsahujú mužskú aj ženskú reprodukčnú časť ako androecium a gynoecium. Gynecium má tri hlavné zložky, a to stigmu, štýl a vaječník. V súlade s tým je vaječník štruktúra, ktorá obsahuje vajíčka. Nájdeme ho na dne gynoecia. Ovulky sú teda štruktúry, ktoré nesú ženské reprodukčné bunky alebo vajíčko. Vaječník obklopuje vajíčka v kvete. Jeden vaječník môže obsahovať veľa vajíčok, ale jeden vajíčko často obsahuje jednu vaječnú bunku (ženská pohlavná bunka). Po oplodnení sa vaječník a vajíčko vyvinú do rôznych štruktúr plodu.
