Kľúčovým rozdielom medzi GFP a EGFP je, že GFP je proteín divokého typu inkorporovaný do molekulárneho klonovania buniek, ktoré nie sú cicavce, zatiaľ čo EGFP je vylepšený alebo upravený typ GFP, ktorý je možné použiť na bunky cicavcov.
Molekulárne klonovanie je pokročilá technika, ktorú vedci mimoriadne využívajú pri expresii proteínov pomocou rekombinantnej technológie. V technológii rekombinantnej DNA je potrebné úspešne transformovať rekombinantný vektor na hostiteľský organizmus. Preto by sa počas procesu transformácie malo identifikovať a potvrdiť, či bol požadovaný gén transformovaný na hostiteľa alebo nie. Aby to mohli posúdiť, molekulárni biológovia používajú niekoľko techník. Z týchto techník je jednou reportérový gén. Tieto reportérové gény pôsobia ako selekčné markery na selekciu správnych transformantov. Zelený fluorescenčný proteín (GFP) a vylepšený zelený fluorescenčný proteín (EGFP) sú teda dva reportérové proteíny používané pri molekulárnom klonovaní.
