Kľúčový rozdiel medzi anatómiou mužskej a ženskej močovej trubice je, že mužská močová trubica je dlhšia, zatiaľ čo ženská močová trubica má kratšiu štruktúru. Na rozdiel od ženskej močovej trubice je tiež mužská močová trubica zložitej štruktúry a má jej časti.
V Anatómii sa močová trubica týka funkčného potrubia, ktoré je zodpovedné za transport moču z močového mechúra do exteriéru. Je prítomný u mužov aj u žien. Mužská močová trubica má však dlhšiu štruktúru, pretože je okrem moču zodpovedná aj za transport spermy do exteriéru. Naproti tomu ženská močová trubica má kratšiu štruktúru a prenáša iba moč do exteriéru. Z dôvodu rozdielu v anatomickej štruktúre mužskej a ženskej močovej trubice sa menia aj funkčné vlastnosti mužskej a ženskej močovej trubice. Preto je v urologických štúdiách dôležité študovať rozdiel medzi anatómiou mužskej a ženskej močovej trubice.