Kľúčovým rozdielom medzi rezonanciou a mezomérnym účinkom je, že rezonancia je výsledkom interakcie medzi voľnými elektrónovými pármi a väzobnými elektrónovými pármi, zatiaľ čo mezomérny účinok je spôsobený prítomnosťou substitučných skupín alebo funkčných skupín.
Dva chemické pojmy rezonancie a mezomérneho účinku určujú presnú chemickú štruktúru organickej molekuly. Rezonancia vzniká v molekulách, ktoré majú na ľubovoľnom atóme v molekule osamotené elektrónové páry. Mezomérny účinok vzniká, ak má molekula substituenty alebo funkčné skupiny. Oba tieto javy sú bežné v organických molekulách.
