Kľúčovým rozdielom medzi pluripotentnými a indukovanými pluripotentnými kmeňovými bunkami je, že pluripotentné bunky sú nediferencované materské bunky (z embryí atď.), Ktoré majú prirodzenú schopnosť diferencovať sa na rôzne typy buniek, zatiaľ čo indukované pluripotentné kmeňové bunky sú somatické dospelé bunky, ktoré majú boli geneticky preprogramované tak, aby vykazovali vlastnosti podobné prírodným pluripotentným kmeňovým bunkám.
Kmeňová bunka je nediferencovaná bunka, ktorá má jedinečnú schopnosť vyvinúť sa do rôznych alebo špecializovaných buniek. Ďalej sú kmeňové bunky troch typov, a to unipotentné, pluripotentné a multipotentné. Ak sa kmeňová bunka môže diferencovať na jednu, viacnásobnú a na všetky typy buniek, je známa ako unipotentná, multipotentná alebo pluripotentná kmeňová bunka. Medzi vyššie uvedenými tromi typmi sú dôležité pluripotentné kmeňové bunky, pretože sa môžu diferencovať na všetky typy buniek. Z pluripotentnej embryonálnej kmeňovej bunky sa môže vyvinúť celý človek.
