Kľúčový rozdiel medzi genetickou mapou a fyzickou mapou je v technikách používaných pri mapovaní genómu. Pri generovaní genetickej mapy sa na štúdium vzorov génovej väzby používajú genetické markery a genetické lokusy, zatiaľ čo fyzikálne mapovanie využíva techniky molekulárnej biológie, ako sú napríklad polymorfizmus s dĺžkou fragmentov (RFLP) a hybridizácia.
Genetické mapy a Fyzické mapy mapujú dva typy máp, ktoré konštruujú tak, aby ukazovali gény umiestnené v chromozómoch. Zahŕňajú genetickú diagnostiku a predpovedajú vývoj v súvislosti s analýzou genómu. Ďalej sa používajú na analýzu vzdialeností medzi lokusmi génov a na analýzu polymorfizmov génov.
