Kľúčovým rozdielom medzi genetickou vzdialenosťou a fyzickou vzdialenosťou je typ sekvencie použitej pri analýze vzdialenosti medzi dvoma populáciami toho istého druhu. Genetická vzdialenosť meria genetickú divergenciu medzi druhmi alebo medzi populáciami druhu, zatiaľ čo fyzická vzdialenosť meria počet nukleotidov medzi týmito dvoma markermi.
Genetická vzdialenosť a fyzická vzdialenosť poskytujú pohľad na vývojové vzťahy medzi dvoma populáciami druhu. Preto mapy vzdialenosti poskytujú prepojenie populácií na základe genetických údajov. Sekvenovanie genómu a analýza bioinformatiky hrajú dôležitú úlohu pri určovaní genetických aj fyzických vzdialeností.