Kľúčovým rozdielom medzi genetickou mapou a mapou väzby je typ génov použitých v procese mapovania. Genetická mapa pozostáva zo všetkých génov prítomných na konkrétnom chromozóme, zatiaľ čo väzobná mapa pozostáva z spojených génov prítomných na konkrétnom chromozóme.
Genetická mapa a mapa väzieb sú dva typy chromozomálnych máp, ktoré ilustrujú gény nachádzajúce sa na chromozómoch. Genetická mapa zobrazuje všetky gény, zatiaľ čo mapa väzieb zobrazuje iba spojené gény. Oba sú veľmi užitočné pri diagnostike genetických chorôb a porúch. Okrem toho je možné chromozomálne aberácie zistiť aj pomocou genetických máp a väzbových máp. Prepojené mapy ďalej poskytujú predstavu o vývoji konkrétnych génov.
