Kľúčovým rozdielom medzi kompozitnými a nekompozitnými transpozónmi je to, že kompozitné transpozóny majú dve hraničné inzertné sekvencie, zatiaľ čo nekompozitné transpozóny majú namiesto susedných inzertných sekvencií inverzné opakovania.
Transpozón je fragment DNA, ktorý sa môže translokovať v bakteriálnom genóme. Sú to mobilné sekvencie DNA. Pohybujú sa na nových miestach genómu. Tieto pohyby spôsobujú zmeny v postupnosti bakteriálneho genómu a spôsobujú významné zmeny v genetickej informácii. Sú to transponovateľné genetické prvky zodpovedné za vytváranie nových genetických sekvencií v baktériách. Transpozóny sa tiež označujú ako skákacie gény, pretože tieto skokové sekvencie môžu blokovať transkripciu génov a zmeniť usporiadanie genetického materiálu baktérie. Okrem toho sú zodpovedné za pohyb génov rezistencie na lieky a génov rezistencie na antibiotiká medzi plazmidmi a chromozómami. Existujú dva typy transpozónov ako kompozitné a nekompozitné.
