Kľúčovým rozdielom medzi hnRNA a mRNA je, že hnRNA je nespracovaný predčasný prepis mRNA, ktorý obsahuje intróny, zatiaľ čo mRNA je spracovaná RNA, ktorá neobsahuje intróny.
Existujú rôzne typy RNA a hnRNA a mRNA sú dva typy z nich. Heterogénna nukleárna RNA, tiež známa ako pre-mRNA, je typ primárneho transkriptu produkovaného vo vnútri jadra. Akonáhle je pre-mRNA vyrobená, je post-transkripčne spracovaná na funkčnú mRNA, ktorá môže byť preložená do proteínu v cytoplazme. Preto sa hnRNA syntetizuje z templátu DNA a je to novovytvorená RNA pred spracovaním. mRNA je sekvencia RNA, ktorá nesie genetickú informáciu za vzniku proteínu. Je to forma RNA po spracovaní. Okrem toho mRNA prenáša genetické kodóny z DNA v jadre do ribozómov na syntézu proteínov.
