Kľúčový rozdiel medzi bakteriochlorofylom a chlorofylom spočíva v tom, že anoxygénne fototrofy, ako napríklad fialové baktérie, heliobaktérie a zelené sírne baktérie, atď., Majú bakteriochlorofyly, zatiaľ čo kyslíkové fototrofy, ako sú zelené rastliny, riasy a sinice, majú chlorofyly.
Existujú dva typy fotosyntézy; kyslíková fotosyntéza a anoxygénna fotosyntéza. Existujú tiež dva typy fotosyntetických pigmentov, ako je chlorofyl a bakteriochlorofyl. Kyslíkové fototrofy majú chlorofyl, zatiaľ čo anoxygénne fototrofy majú bakteriochlorofyl. Bakteriochlorofyl a chlorofyl sú si v celkovej štruktúre podobné. Líšia sa ale v substitúciách okolo krúžku a v dĺžke a substitúciách na fytol chvoste. Existujú štyri typy chlorofylov, zatiaľ čo existuje sedem druhov bakteriochlorofylov.
