Kľúčovým rozdielom medzi ortologickými a paralogickými génmi je to, že ortologické gény sú homológne gény nachádzajúce sa u rôznych druhov v dôsledku špeciácie a vykonávajú rovnakú funkciu. Naproti tomu paralogické gény sú gény nachádzajúce sa v jednom druhu kvôli duplikácii a môžu mať rôzne funkcie.
Homológia je proces zostupu od spoločného predka. Preto homológne gény pochádzajú z génov spoločných predkov. Ortologické a paralogické gény sú dva typy homológnych génov. Ortologické gény sa vyskytujú u rôznych druhov. Vyvinuli sa vďaka špeciácii a môžu vykonávať podobnú funkciu. Naproti tomu paralogické gény sa nachádzajú v jednom druhu. Sú výsledkom genetickej duplikácie a môžu mať rôzne funkcie.
