Kľúčový rozdiel medzi pozitívnou a negatívnou ionizáciou v hmotnostnej spektrometrii je ten, že pozitívna ionizácia vytvára kladne nabité ióny, zatiaľ čo negatívna ionizácia vytvára záporne nabité ióny.
Hmotnostná spektrometria alebo MS je technika v analytickej chémii, ktorá meria pomer hmotnosti k náboju iónov. Konečným výsledkom tejto techniky je hmotnostné spektrum, ktoré sa javí ako graf intenzity. Ďalej je tento graf nakreslený ako funkcia pomeru hmotnosti k náboju. Na účely hmotnostnej spektrometrie je prístrojom, ktorý používame, hmotnostný spektrometer. Keď zavedieme našu vzorku do tohto prístroja, molekuly vzorky prechádzajú ionizáciou. Tu je výber správnej ionizačnej techniky veľmi dôležitý, pretože má veľký vplyv na konečný výsledok. Ak použijeme reagenčný plyn, napr. Amoniak, spôsobí to ionizáciu molekúl vzorky tak, že podľa nastavenia prístroja vzniknú buď iba pozitívne ióny, alebo iba negatívne ióny.
