Kľúčový rozdiel medzi testovaním DNA z matiek a otcov závisí od typu zdroja DNA použitého pri postupe testovania. Testovanie matkinej DNA využíva mitochondriálnu DNA na získanie predkov matky, zatiaľ čo testovanie otcovskej DNA využíva Y-DNA na získanie otcovských predkov.
Na určenie rodinných vzťahov je dôležité určenie predkov u mužov i žien. Materské a otcovské testy DNA navyše určujú identitu jednotlivcov. Niektoré z molekulárnych techník použitých v tejto analýze sú DNA fingerprinting, analýza krátkych tandemových opakovaní a polymorfizmus dĺžky restrikčných fragmentov (RFLP).
