Kľúčový rozdiel medzi heterochromatínom a euchromatínom je ten, že heterochromatín je vysoko zabalená forma chromatínu, ktorá je všeobecne neaktívna, zatiaľ čo euchromatín je voľne balená forma chromatínu, ktorá je všeobecne aktívna.
Chromatín je štruktúra, ktorá drží vlákno DNA chromozómu. Heterochromatín a euchromatín sú dva hlavné typy chromatínu, ktoré sú prítomné v bunkách. Z hľadiska štruktúry a funkcie je rozdiel medzi heterochromatínom a euchromatínom. Okrem toho sa tiež líšia od transkripčných a replikačných vlastností.
