Kľúčovým rozdielom medzi antigénom a protilátkou je, že antigén je akákoľvek látka, ktorá indukuje imunitný systém, aby produkoval protilátky proti nemu, zatiaľ čo protilátka je ochranný proteín imunoglobulínu v tvare Y, ktorý je schopný viazať sa na antigény s cieľom ich neutralizácie.
Základné pochopenie imunológie, ako aj niektorých aspektov mikrobiológie, patológie a dermatológie, spočíva v porozumení základných pojmov reakcií antigén-protilátka. Sú základným kameňom obrovských základov pre vedomosti a novo vyvíjajúce sa technológie na boj proti rôznym množstvám chorôb.