Kľúčový rozdiel medzi O a H antigénom je ten, že O antigén je najodľahlejšou časťou bakteriálneho povrchu, zatiaľ čo H antigén je štíhla vláknitá štruktúra, ktorá je súčasťou bičíkov.
Antigény sú molekulárne rozpoznávacie miesta prítomné v mnohých baktériách, hubách, vírusoch, prachových časticiach a iných bunkových a nebunkových časticiach, ktoré dokáže rozpoznať imunitný systém hostiteľa. Spravidla je väčšina antigénov prítomná na povrchu buniek. Antigénmi môžu byť štruktúrne proteíny, aminokyseliny, lipidy, glykolipidy alebo glykoproteíny alebo markery nukleových kyselín. Tieto molekuly majú špecifickú schopnosť vyvolať imunitnú odpoveď u hostiteľa. Táto imunitná odpoveď je vyvolaná vyvolaním produkcie protilátok ako zodpovedajúceho výsledku.
Antigény sa zvyčajne používajú v sérotypovom identifikačnom systéme pre baktérie. Salmonella je bakteriálny rod, ktorý má veľa sérotypov. Sérotypy sú skupiny mikroorganizmov v rámci rovnakého druhu. Tieto sérotypy je možné rozlíšiť pomocou kombinácie O antigénu a H antigénu. O antigén je bočný reťazec LPS, zatiaľ čo antigén H je súčasťou bičíkov.
