Kľúčový rozdiel medzi antigénom a patogénom spočíva v tom, že antigén je cudzia látka, toxín alebo molekula, ktorá môže stimulovať imunitnú odpoveď s cieľom produkovať proti nemu protilátky, zatiaľ čo patogénom je organizmus, najmä mikrób, ktorý infikuje naše telo a spôsobuje choroby.
Patogény sú akékoľvek cudzie organizmy, ktoré spôsobujú choroby hostiteľských rastlín a zvierat. Antigén je molekula nachádzajúca sa v bunkovej stene baktérií alebo v povlaku organizmov. Antigén spôsobuje, že náš imunitný systém vytvára protilátky proti nemu a chráni naše telo pred škodlivými cudzími organizmami.
