Kľúčový rozdiel medzi homológiou a podobnosťou v bioinformatike spočíva v tom, že homológia sa týka tvrdenia o spoločnom evolučnom pôvode dvoch sekvencií, zatiaľ čo podobnosť sa týka stupňa podobnosti medzi dvoma sekvenciami.
Bioinformatika je oblasť vedy, ktorá kombinuje biológiu, informačné inžinierstvo, informatiku, matematiku a štatistiku s cieľom analyzovať a interpretovať biologické údaje. Homológia a podobnosť sú dva pojmy, ktoré používame v oblasti bioinformatiky. Ľahko môžeme vypočítať podobnosť ako percento podobných zvyškov v danej dĺžke zarovnania. Nemôžeme však vypočítať homológiu, pretože by mohla byť pravdivá alebo nepravdivá a zvyčajne závisí od použitej hypotézy.
