Kľúčovým rozdielom medzi podobnosťou a identitou v zarovnaní sekvencií je to, že podobnosť je podobnosť (podobnosť) medzi dvoma sekvenciami v porovnaní, zatiaľ čo identita je počet znakov, ktoré sa presne zhodujú medzi dvoma rôznymi sekvenciami.
Bioinformatika je interdisciplinárny vedný odbor, ktorý zahŕňa hlavne molekulárnu biológiu a genetiku, informatiku, matematiku a štatistiku. Zarovnanie sekvencií je hlavným termínom v bioinformatike. Je to postup, pri ktorom sú sekvencie DNA, RNA alebo proteínu usporiadané tak, aby identifikovali oblasti podobnosti, ktoré sú dôsledkom funkčného, štrukturálneho alebo evolučného vzťahu medzi sekvenciami. Na konci zarovnania sa zobrazia ako riadky v matici. S cieľom zarovnať identické znaky v nasledujúcich Coloumoch sú medzi zvyškami vložené medzery.
