Kľúčový rozdiel medzi ribozýmami a proteínovými enzýmami je v tom, že ribozýmy sú molekuly RNA, ktoré sú schopné katalyzovať určité špecifické biochemické reakcie, zatiaľ čo proteínové enzýmy sú molekuly proteínu, ktoré sú schopné katalyzovať väčšinu biochemických reakcií prebiehajúcich v živých organizmoch.
Enzýmy sú biologické katalyzátory a urýchľujú rýchlosť biochemických reakcií. Všeobecne sú všetky enzýmy bielkoviny zložené z aminokyselín. Preto sa tiež označujú ako bielkovinové enzýmy. Existujú však špecifické molekuly RNA, ktoré môžu pôsobiť ako katalyzátory špecifických biochemických reakcií. Sú to ribozýmy alebo enzýmy ribonukleovej kyseliny. Preto ribozýmy aj proteínové enzýmy vykonávajú rovnakú funkciu, ktorá spočíva v katalýze biochemických reakcií.
