Kľúčový rozdiel medzi endogénnymi a exogénnymi antigénmi spočíva v tom, že endogénny antigén sa vytvára v bunkách, zatiaľ čo exogénny antigén vstupuje do tela zvonku.
Antigén je molekula alebo látka, ktorá reaguje na produkt špecifickej imunitnej odpovede a stimuluje tvorbu protilátok. Antigenicita konkrétnej molekuly je schopnosť antigénu indukovať produkciu protilátky. Antigény tiež môžu byť buď proteín alebo polysacharid. Ďalej bunky prezentujúce antigén (APC), ako sú dendritické bunky, sprostredkovávajú procesy absorpcie antigénu, spracovania antigénu a prezentácie antigénu. Navyše v závislosti na imunitnej aktivite môžu byť antigény klasifikované ako imunogény, tolerogény alebo alergény. Okrem toho môžeme antigény klasifikovať aj podľa pôvodu ako exogénne alebo endogénne.
