Kľúčovým rozdielom medzi geografickou a reprodukčnou izoláciou je, že geografická izolácia je kategóriou reprodukčnej izolácie, ktorá sa týka oddelenia populácií organizmov od párenia alebo výmeny genetického materiálu pomocou fyzických hraníc, zatiaľ čo reprodukčná izolácia sa týka súboru mechanizmov, ktoré zabraňujú živočíšnym druhom z párenia a plodenia plodných potomkov.
Hnojenie je spojenie spermie a vajíčka za vzniku diploidného zygoty počas pohlavného rozmnožovania. Ak je vyrobený zygota zrelá, nakoniec z nej vyrastie zdravý plodný potomok. reprodukčná izolácia je preto proces, ktorý zabraňuje tvorbe plodného potomka. K tejto prevencii môže dôjsť počas procesu hnojenia alebo po oplodnení. Nakoniec to však vytvorí bariéru v produkcii plodného potomka, z ktorého sa môže narodiť ďalší plodný potomok. Medzi rôznymi mechanizmami je geografická izolácia faktorom reprodukčnej izolácie.
