Kľúčovým rozdielom medzi polysacharidovými a konjugovanými vakcínami je, že polysacharidové vakcíny obsahujú ako antigény iba voľné polysacharidy, zatiaľ čo konjugované vakcíny obsahujú polysacharidy kombinované s proteínovou molekulou.
Polysacharidové a konjugované vakcíny sú dva typy vakcín. Polysacharidové vakcíny obsahujú iba polysacharidovú kapsulu ako antigén na stimuláciu imunitnej odpovede. Preto spôsobujú zanedbateľnú imunitnú reakciu v porovnaní s konjugovanými vakcínami. Konjugované vakcíny obsahujú polysacharidy konjugované s imunogénnym proteínom. Preto vyvolávajú silnejšiu imunitnú odpoveď. Konjugované vakcíny navyše zabezpečujú pamäť B-buniek a dlhodobú imunizáciu. V súčasnosti konjugované vakcíny výrazne nahradili polysacharidové vakcíny.
