Kľúčovým rozdielom medzi molekulárnym ukotvením a skórovaním je to, že ukotvenie je technika používaná na stanovenie väzbovej afinity medzi dvoma molekulami, zatiaľ čo skórovanie je proces hodnotenia konkrétnej pózy spočítaním počtu priaznivých intermolekulárnych interakcií.
Pojmy molekulárne dokovanie a skórovanie sa používajú v oblasti molekulárneho modelovania. Molekulárne modelovanie je technika používaná na určenie možného usporiadania rôznych molekúl v danej látke. Táto technika je dôležitá pri vytváraní nových stabilných zlúčenín.
