Kľúčovým rozdielom medzi homonukleárnymi a heteronukleárnymi aromatickými zlúčeninami je to, že homonukleárne aromatické zlúčeniny obsahujú atómy rovnakých chemických prvkov v kruhovej štruktúre, zatiaľ čo heteronukleárne aromatické zlúčeniny obsahujú atómy rôznych chemických prvkov v kruhovej štruktúre.
Homonukleárne a heteronukleárne aromatické zlúčeniny sú organické zlúčeniny obsahujúce kruhové štruktúry. A tieto kruhové štruktúry obsahujú buď identické atómy, alebo rôzne atómy. Preto majú rôzne chemické a fyzikálne vlastnosti v závislosti od typu atómov v kruhových štruktúrach.