Kľúčovým rozdielom medzi CDS a cDNA je to, že CDS alebo kódujúca sekvencia je časťou transkriptu, ktorý je skutočne preložený do proteínu, zatiaľ čo sekvencia cDNA je sekvencia DNA odvodená z mRNA reverznou transkripciou.
Gén je nukleotidová sekvencia, ktorá kóduje proteín. Skladá sa z rôznych oblastí, ako je promótorová oblasť, miesto začatia transkripcie, exóny, štartovací kodón, intróny a stop kodón. Gén má teda kódujúce aj nekódujúce sekvencie. Kódujúce sekvencie alebo CDS označujú exóny a dva kodóny, ktoré sú štartovacím a stop kodónom. Je to sekvencia, ktorá je v skutočnosti preložená do proteínu. Naopak, cDNA je sekvencia DNA odvodená z mRNA reverznou transkripciou.
